Es la más importante de Lima y del ferrocarril Central. Fue originalmente abierta en 1871 en un solar del Jr. Ancash, poco tiempo después de que se iniciaran las obras del FCC. Era un edificio bastante inaparente para su categoría y ubicación. No fue la más antigua del FCC, la primera fue la de Monserrate. En 1908 sufrió un incedio provocado por las chispas de una locomotora y se acondicionó provisionalmente un edificio. El actual empezó a construirse en 1910 y en 1912 se inauguró, luego de 5 proyectos presentados a la Peruvian. Fue uno de los primeros de cemento y fierro de Lima. El arquitecto fue don Rafael Marquina. Su nombre lo debe a la iglesia de Nuestra Señora de los Desamparados que se encontraba junto al puente de Piedra detrás del palacio de Gobierno, o sea la primera cuadra del jirón Ancash llamada asimismo calle Desamparados. La referida iglesia fue demolida en 1938 junto con una hilera de otras edificaciones para dar más espacio al recién proyectado jardín posterior del nuevo palacio. Se solía decir en esa época que el palacio de Gobierno "daba la espalda a los desamparados". En algún momento se pretendió derruirla para construir una nueva cerca del actual Parque de la Muralla.
